Pracę rozpoczęła w resortowym Instytucie Ochrony Środowiska Oddział we Wrocławiu gdzie uczestniczyła m. in. w opracowywaniu Perspektywicznych planów gospodarki wodnej dla wszystkich dorzeczy w Polsce. Od 1998 roku związana jest zawodowo z Regionalnym Zarządem Gospodarki Wodnej we Wrocławiu (RZGW), gdzie od 2007 roku pełni funkcje Z-cy Dyrektora ds. zasobów wodnych. realizując szereg zadań wynikających ze zobowiązań Polski wobec Unii Europejskiej.
Barbara Mońka jest współautorką kilkudziesięciu publikacji i referatów o tematyce związanej z planowaniem i gospodarką wodno-ściekowej. W trakcie pracy zawodowej brała udział w realizacji wielu projektów z zakresu planowania gospodarowania wodami i ochrony wód. Podnosząc swoje kwalifikacje ukończyła studia podyplomowe „Zarządzanie dla nie ekonomistów” na WSB we Wrocławiu oraz organizowała cykl konferencji „Zarządzanie zasobami wodnymi w dorzeczu Odry” oraz „Problemy ochrony wód w dorzeczu Odry”. Czynnie uczestniczy w pracach grup roboczych
w ramach Międzynarodowej Komisji Ochrony Odry przed Zanieczyszczeniem oraz Międzynarodowej Komisji Ochrony Łaby (MKOŁ). Ponadto jest członkiem grup roboczych utworzonych w ramach współpracy na polsko-niemieckich i polsko-czeskich wodach granicznych. Jest kierownikiem polskiej części grupy zajmującej się wdrażaniem Ramowej Dyrektywy Wodnej WFD.
Otrzymała dwie nagrody naukowe Dyrektora Naczelnego Instytutu Kształtowania Środowiska w Warszawie, za osiągnięcia badawcze z dziedziny ochrony środowiska a w 2007 roku została uhonorowana przez Ministerstwo Środowiska odznaką za Zasługi dla Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej.