Prace zawodową rozpoczął w roku 1990 na stanowisku referenta w wojewódzkim Przedsiębiorstwie Energetyki Cieplnej W Bydgoszczy. Od roku 1991 jest właścicielem Przedsiębiorstwa Projektowo- Montażowego PROMONT. Pracował również w szkolnictwie wyższym– Akademia Techniczno – Rolnicza w Bydgoszczy (2001-2006), Wyższa Szkoła Zarządzania Środowiskiem w Tucholi (2006-2007) oraz Uniwersytecie Technologiczno – Przyrodniczym W Bydgoszczy (2016-2018). Stopień doktora nauk technicznych uzyskał w roku 2005 a doktora habilitowanego w roku 2010. Doktora i pracę habilitacyjną obronił w Politechnice Wrocławskie, gdzie w roku 2017 został przyznany tytuł profesora.  Dorobek zawodowy Janusza Bujaka obejmuje wiele referatów krajowych i zagranicznych, programów technologicznych, patentów i świadectw ochronnych. W swojej karierze zawodowej otrzymał wiele nagród, wyróżnień, medali i odznaczeń w tym: Krzyż Kawalerski Orderu Odznaczenia Polski, Srebrny Krzyż Zasługi. Współpracuję z Wydziałem Inżynierii Środowiska Politechniki Wrocławskiej prowadząc seminaria naukowe oraz przewody doktorskie.