W 1978 roku ukończył z wyróżnieniem studia magisterskie. Kontynuując naukę na Politechnice Wrocławskiej J. Łomotowski uzyskał stopnie doktora i doktora habilitowanego oraz tytuł profesora nauk technicznych. Od ponad 30 lat prowadzi wykłady na Uniwersytecie Przyrodniczym we Wrocławiu, w latach 2000- 2013 związany był z Politechniką Świętokrzyską w Kielcach. Dotychczas wypromował 12 doktorantów nauk technicznych lub rolniczych. W chwili obecnej jest promotorem naukowym 6 doktorantów. Podręcznik akademicki „Nowoczesne systemy oczyszczania ścieków”, którego jest współautorem, został sprzedany w nakładzie ponad 10 000 egz.. Jest również współautorem książki „Poradnik eksploatatora oczyszczalni ścieków”. Janusz Łomotowski organizował wiele konferencji polskich i międzynarodowych. Dzięki współpracy z wieloma polskimi przedsiębiorstwami wodociągowymi, doświadczeniu w prowadzeniu licznych badań projektowych jest uznanym ekspertem znanym wśród eksploatatorów systemów wodociągowych i kanalizacyjnych.